卵を失ったアナが衝動的に空を赤くしてから4日、沈黙を続けるVに対して、地上はパニックが続いていた。リサから情報を得たエリカは、ニューヨークステート大学の科学者シドからあるものを見せられる。一方、人間的感情を経験してしまったアナは、別室に幽閉していたある人物に会いに行く……。

チャドが再開した治療センターでレポートしていると、男が来て自爆テロを起こす。それは世界の29都市で同時に起きたものであり、しかも後ほど、NYでの実行犯はジャックがその朝、Vと戦うことを後押しした男だったと判明。ジャックはそれを知り激しく動揺する。

横転した車のマリクとエリカ。何とかエリカがマリクをKOしたところで、ジャックとホッブスが助けに来る。ジャックらはマリクをホッブスのアジトに連れて帰り、エリカは現場に残って「突然襲われ、マリクが誘拐された」とケンドリックには報告。一方、シドの検査で、タイラーのDNAには半分ほどの空白があることが判明する。

平和大使センターで平和大使の若者3人が見せしめのように吊されて殺される。アナはそれがタイラーではなかったことで一息つくが、タイラーは友達が殺されたことで取り乱し、さらにジャックへの憎悪を募らせる。マリクの失踪や、この事件を受けエリカには古い友人で腕利きの捜査官、クリス・ボールズがワシントンからやってきてパートナーにつくことになる。

マーカスが狙撃され、アナはイーライ・コーンら第五部隊を追い詰めると決心。ライアンに、コーンを始末するよう脅迫。エリカは事件の責任を取ってしばらく謹慎に。この機会に家族の絆を深めようとした矢先にコーンから電話。自分を殺しに来たライアンを捕らえたという。エリカはすぐコーンのもとへ。ライアンは、Vの追跡者が自分を尾行していたからすぐ逃げろと言ったが、アナはVではなくFBIを動かすことで、人間同士に殺し合いをさせようとしていた。

タイラーはシャトルのパイロット訓練に打ち込み、健康チェックを受けるが、異種交配に必要なリンのレベルが低いことがわかり、アナはタイラーにリンを投与しながらも、他の候補であるバルセロナの青年ラファエルをリサに近づけようと考える。一方エリカはホッブスらとともに、イーライの幹部たちが集まるバンコクへ行くが、幹部たちはエリカを新たなリーダーとして認めようとはせず、実力を証明するように要求する。

エリカたちはアナの繁殖計画を阻止すべく、DNAの生殖機能を破壊するように改造したインフルエンザ・ウイルスに感染した船内生活者を各国の母船に送り込み、今まで採取して貯蔵されているDNAを使えなくさせようと考える。近くにあるラボからウイルスを強奪することになり、ホッブスはエリカの強気な変化を喜ぶが、ジャックは不安を感じる。

世界中538ヵ所でコンコルディアの建設が始まる。シドが懸念するのは、各コンコルディアに1つあるブルー・エネルギー・リアクター。産出するエネルギー量が大きすぎるというのだ。そこからシドはコンコルディアが母船の着陸基地だと予測。エリカらは、リアクターで事故を起こすことで、世界中の建設を阻止しようと考える。

いよいよ第五部隊がダイアナと組んで、本格的にアナを追い詰めることに。エリカはリサに、アナを暗殺させようとニセ誘拐事件を企む。アナが地上に降りている間にライアンが母船へ乗り込み、ジョシュアと共にダイアナを監禁室から解放。しかしリサはやはりアナを殺せなかったと聞いてジョシュアはライアンに逃げるよう言うが、ダイアナはそれを拒否し、臣民の前に現れる。